Le site Natura 2000 des Palus de St Loubès et d’Izon accueille 4 habitats naturels d’intérêt communautaire.
Les habitats reconnus d’intérêt communautaire, inscrits à l’annexe I de la directive «Habitats» correspondent à des milieux naturels considérés comme étant « en danger de disparition (…) » ou ayant « une aire de répartition naturelle réduite (…)» ou encore constituant « un exemple remarquable de caractéristiques propres à l’une ou à plusieurs des cinq régions biogéographiques ». Parmi eux on trouve :
- Les lacs eutropes avec végétation du Magnopotamion ou de l'Hydrocharition : Ce sont de petites pièces d’eau stagnantes avec un faible taux d’oxygène dissous, ces milieux riches en éléments nutritifs accueillent sur leurs berges une forte richesse floristique. Elles ont la particularité d’avoir un voile flottant à Lentille d’eau ainsi qu’une forte variation des hauteurs d’eau au cours de l’année.
- Les forêts alluviales à Alnus glutinosa et Fraxinus excelsior : Boisement caractéristique de transition entre les forêts mixtes riveraines des grands fleuves et l’aulnaie marécageuse, il se situe généralement en bordure extérieure des bas marais. Les essences majoritaires sont l’aulne et le frêne, et la strate herbacée est caractérisée sur le site par la Laîche espacée et Laîche à épis pendants. Les habitats forestiers se différencient sur le site par leur stade d’hydromorphie. Ils représentent des milieux particulièrement favorables à la Loutre et au Vison d’Europe.
- Les forêts mixtes à Quercus Robur, Ulmus minor, Fraxinus excelsior riveraines des grands fleuves : Caractérisé par un certain degré de maturité, les forêts mixtes riveraines des grands fleuves se situent principalement sur les points les plus hauts, gorgés en eau chaque hiver mais rarement inondés. Chênes, Frêne et Ormes dominent la strate arborée, et la strate arbustive se compose d’Aubépine, de Fusain et Chèvrefeuille. L’habitat joue aussi un rôle en tant que régulateur et épurateur des eaux, mais de moindre importance car le sol est gorgé en eau pendant une période plus courte.
- Les mégaphorbiaies hygrophiles d’ourlets planitiaires et des étages montagnard à alpin : Formations dites « d’ourlets » représentant le stade de transition entre les prairies humides et les communautés forestières alluviales à marécageuses. On observe une certaine variabilité dans la dynamique des formations préforestières principalement due au degré d’hydromorphie local.
